La fortezza odierna è stata costruita dai Veneziani intorno al X sec. il suo nome originario era Spinalonde, in seguito prese il nome Spinalonga dall’isoletta veneziana (odierna Giudecca).
In seguito alla sua importanza strategica, l’isola di Spinalonga, rimase nelle mani dei Veneziani per oltre 50 anni dopo la caduta di Chandaca. Passò sotto le mani dei Turchi nel 1715. Fino alla fine del secolo scorso rimase un comune autonomo, abitato solo da turchi che se ne andarono nel 1903.
i cretesi promulgarono l’allontanamento dei lebbrosi e la creazione di un lebbrosario a Spinalonga per poter aiutare i pazienti sofferenti dal morbo di Hansen.
il modo di vivere difficile dei pazienti che rimasero nell’isola fino al 1975 segna il luogo e lo carica emotivamente rendendolo un luogo martirico e di memoria storica.