Im 10 Jahrhundert wurde von Venezianern die heutige starke Burg gebaut. Am Anfang hieß sie Stinalonde, später aber bekamm sie ihren Namen von der Insel Veneziens Spinalonga, heute Giudecca.
Die Burg von Spinalonga, wegen ihrer großen strategischen Wichtigkeit, wurde von den Venezianern 50 Jahren nach der Besetzung von Handaka behalten. 1715 wurde die Insel von Türken besetzt.
Am Ende des letzten Jahrhunderts war sie eine verschiedene Gemeinschaft mit den türkischen Einwohnern, die erst 1903 die Insel verlassen haben. Die Regierung Kretas beschloss die Isolierung der Lebrakranken und entschied die Einrichtung der Leprakolonie in Spinaloga, so dass es die Mőglichkeit einer Hilfe der Leuten, die unter der Krankheit Xansen litten, gibt.
Das schwere Leben der kranken, die bis 1957 auf der Insel gewohnt haben, prägte den Ort des Martyriums und des geschichtlichen Andenkens
